自身特性使巴旦木碎便于储存且不易变质，相对而言，如果加工得当，巴旦木碎能拥有较长的保质期，这都得益于其自身的物理和化学特性。巴旦木碎的含水量低于6%，在这种环境下，细菌和霉菌难以生存和繁殖。巴旦木碎富含天然的抗氧化剂——维生素E，一盎司（约30克）巴旦木中含有7.4毫克VE，有助于延缓油脂氧化。巴旦木碎富含有利于健康的不饱和脂肪酸（每30克巴旦木中含有13克不饱和脂肪酸），而其中占多数的是更为稳定的单不饱和脂肪酸，相比于多不饱和脂肪酸，更不容易氧化。

与其他坚果相比，巴旦木碎仁的细胞结构较为紧密，空隙更少，因此更不容易因为接触空气而导致氧化。通常而言，巴旦木碎的质量和保质期受三大因素影响：产品特性、配送及仓储环境、产品包装。例如，加工会影响美国巴旦木碎的保质期。通常切削（切丁、切条、切片、磨粉）和去皮加工会增加表面的暴露面积，加速氧化反应从而缩短保质期。

为了保证巴旦木碎的质量，更重要的是要控制好贮存条件，尤其是温度和湿度。以下是一些巴旦木碎贮存建议：

存放于凉爽及干燥处（温度10℃，相对湿度65%）

使巴旦木碎的产品水分保持或低于6%

烘烤后的巴旦木碎更易氧化和酸败，因此不建议将烘烤巴旦木碎直接放进仓库贮存，而应立即进行氧气阻隔性包装

烘烤产品应避免接触氧气。贮藏罐、可重复封口的塑料袋、氮气或真空包装都是不错的选择

避免暴露于浓烈气味中，因为长时间接触，巴旦木碎会吸收其他物质的气味

防止昆虫和害虫滋生

避免阳光直射

轮换存货以延长保质期